Michał Giedroyć pochodził ze starego rodu kniaziów (książąt) litewskich. Od urodzenia miał wątłe zdrowie; z tego powodu nie mógł brać udziału w zabawach swoich rówieśników, często spędzał czas samotnie, co go przygotowywało do późniejszego życia w samotności.

Wstąpił do zakonu Kanoników Regularnych od Pokuty Błogosławionych Męczenników w Bystrzycy na Litwie. W niedługim czasie przełożony klasztoru zawiózł go do Krakowa do klasztoru przy kościele św. Marka, gdzie Michał przeżył czas nowicjatu i złożył pierwsze śluby. Studiował na Akademii Krakowskiej (1461-1465), uzyskując stopień bakałarza sztuk wyzwolonych. Mimo kalectwa (był chromy) pełnił funkcję zakrystiana w zakonnym kościele św. Marka.

Michał Giedroyć mieszkał w małej celi przy kościele. Miał zwyczaj spędzał wiele czasu na długich i intensywnych modlitwach. Pomocą dla Michała w dążeniu do doskonałości życia duchowego było nabożeństwo do Jezusa Ukrzyżowanego. Spędzał długie godziny pod krzyżem, który był usytuowany na środku kościoła (teraz krzyż ten znajduje się w ołtarzu głównym). Według tradycji w czasie modlitwy przed krzyżem Jezus rzekł do niego: "Bądź cierpliwy aż do śmierci, a otrzymasz koronę życia". Jego przyjaciółmi byli: Jan z Kęt (święty), Izajasz Boner (błogosławiony), Szymon z Lipnicy (święty), Stanisław Kaźmierczyk (błogosławiony).

Zmarł w opinii świętości w dniu 4 maja 1485. Spoczywa w kościele św. Marka. Od XVI wieku Michał Giedroyć miał sławę błogosławionego. Szczególnie kult ten przybrał na sile z początkiem wieku XVII, kiedy biskupem Krakowa był kardynał pochodzenia litewskiego, Jerzy Radziwiłł. Doczesne szczątki Michała Giedroycia zostały w 1624 roku przeniesione do sarkofagu przy ołtarzu głównym. Nad sarkofagiem zawieszono obraz, na którym oprócz Michała namalowani są również święci i błogosławieni pochodzący z Krakowa. Przedstawiono tam także jedenaście cudów dokonanych za wstawiennictwem Michała Giedroycia. Obecnie trwa jego proces beatyfikacyjny.