Izajasz Boner urodził się w Krakowie ok. 1400 r. Pochodził ze znanej w tym mieście zamożnej rodziny, jego ojciec był członkiem Rady miasta oraz zarządzał mennicą królewską.

Do Zakonu Augustianów przy kościele św. Katarzyny na Kazimierzu w Krakowie wstąpił przed 1419 r. W tym samym roku władze Zakonu skierowały go na wyższe studia zakonne do Padwy, a po powrocie do Polski skończył studia na Uniwersytecie Krakowskim, uzyskując w roku 1448 doktorat.

W pamięci Krakowian zachował się jako bezgranicznie oddany wiernym duszpasterz: wiele pracy poświęcał pomocy potrzebującym, był opiekunem chorych, często dobrowolnie oddawał się pokutom. W klasztorze, gdzie zastępował przeora, dbał o wysoki poziom moralny współbraci, nawoływał ich do pilnego przestrzegania obowiązków i ślubów zakonnych.

Pełnił również działalność edukacyjną: zreorganizował kształcenie nowicjuszy w rodzimym zakonie, założył w nim również skryptorium. Przypisuje mu się autorstwo kilu traktatów teologicznych (m.in. "O Najświętszej Trójcy" oraz komentarz do "Ksiąg sentencji" Piotra Lombarda), jednak prawdopodobnie żadne z jego dzieł nie zachowało się do naszych czasów.

W swoich modlitwach i rozmyślaniach szczególnie często zatracał się do Matki Boskiej przed jej wizerunkiem czczonym w kościele Augustianów. Jeszcze za życia dokonał cudu wskrzeszenia zmarłego, modląc się o ten cud do Niej słowami: "Monstra Te esse Matrem". Przy jego zaś grobie dokonało się kilkadziesiąt cudów za jego przyczyną.

Izajasz Boner zmarł 8 lutego 1471 r. Miejscem wiecznego spoczynku Izajasza jest grobowiec - mauzoleum na krużgankach klasztornych obok kaplicy cudownego obrazu Matki Bożej Pocieszenia.

Kilkakrotnie, od ponad dwóch wieków, podejmowano w Zakonie Augustianów starania o beatyfikację Izajasza. Obecnie w Kongregacji ds. Kultu (Świętych) w Rzymie trwa proces beatyfikacyjny, ale już w 1997 r. papież Jan Paweł II wyraził formalną zgodę na oddawanie mu kultu publicznego.