Pochodziła z rodziny senatorskiej. Ojciec jej, Melchior, był podkomorzym malborskim, matka, Elżbieta z Kostków, była siostrą biskupa chełmińskiego Piotra Kostki. Przez nią spokrewniona była z możnym rodem Kostków, w tym dalsze pokrewieństwo ze św. Stanisławem Kostką.
Środowisko rodzinne było katolickie. Magdalenę wychowywała po śmierci matki ciotka, Magdalena nie uczyła się czytać ani pisać. Podczas pobytu w domu ciotki pomagając służbie w przygotowaniu posiłku wykłuła sobie prawe oko i do końca życia będzie musiała chodzić z przepaską. Ciotka wychowywała ją w duchu surowości i religijności. Magdalena złożyła prywatnie, już koło 12-13 roku życia ślub czystości i myślała o wstąpieniu do klasztoru benedyktynek w Chełmnie. Ojciec sprowadził ją wkrótce po tym do domu chciał wydać za mąż, ale napotykał na opór. Wobec tego kazał córce mieszkać we dworze w rodowej wsi Mortęgi, podczas gdy sam stale przebywał na zamku starościńskim. Mimo zakazu ojca nauczyła się sama czytać i pisać. Jeden z dworzan ojca mimo zakazu dostarczania książek przywiózł jej z jarmarku książkę z kazaniami ks. Jakuba Wujka. Wobec niezłomnego postanowienia córki ojciec zgodził się na wstąpienie jej do klasztoru, ale nie do zrujnowanego Chełmna.
Chciał, by posiadała ona osobny prywatny majątek, jak to bywało w klasztorach, które nie przestrzegały reguły. Magdalena opierała się temu i chciała wstąpić do klasztoru w Chełmnie. Udało uzyskać się jej zgodę ojca na spędzeni kilku dni w konwencie w Chełmnie, pewnie główni po to, by zobaczywszy stan zrujnowanego klasztoru sama z pomysłu wstąpienia do niego zrezygnowała. Jednak gdy tylko raz przestąpiła bramy klasztoru, już nie było siły, która mogła by ją z niego wyciągnąć. Na wieść o tym, że córka nie chce wracać do domu, Melchior popadł w gniew i groził zemstą całemu klasztorowi - a jako senator i starosta miał spore możliwości działania.
Rok po wstąpieniu do zakonu, bezpośrednio po odbyciu nowicjatu i złożeniu ślubów została wybrana ksienią, czyli najwyższą przełożoną klasztoru. Miała wówczas dopiero 25 lat.
Zajęła się od razu gorliwie odbudową życia zakonnego, gdyż klasztor chełmiński był zupełnie opustoszały, było wówczas tylko kilka starych zakonnic, zaś w klasztorze benedyktynek w Toruniu, którym także Magdalena się od razu zajęła, pozostała tylko jedna zakonnica. Wydarzenia te odbiły się głośnym echem w Polsce i dotarły aż do Rzymu. Po kilku latach oba te klasztory rozwijały się tak szybko, że matka Mortęska zaczęła wysyłać swoje siostry do innych klasztorów na terenie Polski, aby i tak zaprowadzić odnowione życie zakonne. Jej zasługą jest odnowienie nie tylko zakonów w Chełmnie i Toruniu, ale również na terenie całej Polski, mianowicie w Żarnowcu, Nieświeżu, Bysławku, Poznaniu, Jarosławiu, Sandomierzu, Sierpcu, Drohiczynie, Radomiu, Łomży, Grudziądzu, Wilnie, Lwowie, Kownie, Mińsku, Smoleńsku, Orszy, Przemyślu i Krożu. Do odnowionych przez nią klasztorów wstępowały panny z najzacniejszych rodów szlacheckich i magnackich.
Wystarała się także u założenie klasztoru jezuitów w Toruniu, by mogli wspierać jej dzieło reformy, natomiast w Poznaniu dodatkowo powołała Seminarium Duchowne, które kształciło przyszłych kapelanów klasztornych. Kilka lat po rozpoczęciu dzieła reformy wystarała się w Rzymie o zatwierdzenie odnowionej reguły zakonnej, zmieniając zakon z kontemplacyjnego na nauczający. Od tej pory wszystkie klasztory reformy chełmińskiej miały stanowić osobną kongregację pod przewodnictwem ksieni chełmińskiej.
U schyłku życia, gdy od 1626 r. na Pomorzu toczyła się wojna ze Szwecją musiała upuścić Chełmno i kilka lat spędzić poza swoim klasztorem, zaś same dobra klasztorne zostały zniszczone. Ciężkim ciosem musiał być dla niej patrzeć, jak przez zniszczenia wojenne działo reformy podupada. Ostatnie swe lata spędziła na mozolnej odbudowie po zniszczeniach wojennych. Umarła 15 lutego 1631 r. po trwającej miesiąc chorobie.
Sylwetka duchowa
Biografowie Matki Mortęskiej, opisujący już kilka lat po śmierci jej życie, podkreślają szereg jej cnót. Ta zamożna szlachcianka, która w młodości lubiła stroić się w bogate szaty rozwinęła w sobie tak dalece cnotę ubóstwa, że jako ksieni sama łatała sobie habit i obuwie. Czujność w strzeżeniu czystości i obrona przed wejściem w życie światowe posuwały się tak daleko, że uchylała się od udziału w uroczystościach wydawanych na jej cześć przez magnatów (a ponieważ sporo jeździła po Polsce w sprawie zakładania nowych klasztorów i reformowania dawniejszych, zawsze jakiś starosta czy wojewoda chciał ją uhonorować). Była pełna posłuszeństwa wobec biskupa i spowiedników. W swojej pokorze, już jako ksieni, pełniła służbę tygodniową przy kuchni, czy też prała bieliznę ubogich. Nie znosiła publicznych pochwał.
Posiadała dar modlitwy w stopniu wysokim, ale nie miała ekstaz ani niezwykłych przeżyć. Pisała piękne medytacje o męce Pańskiej, które znalazły uznanie jezuitów. Gdy chciała je zniszczyć, spowiednik jej to zakazał i polecił dać siostrom do przepisania. Wiele z nich zachowało się do dzisiaj w bibliotekach klasztorów benedyktyńskich. Modlitwa jej była bardzo skuteczna, choć często szatan przeszkadzał jej wprost fizycznie w skupieniu.
Znosiła cierpliwie i chętnie ostre karcenia ze strony spowiednika, nawet publiczne. Była bardzo odważna, narażając się na niebezpieczeństwa: "Gdy mi to powiedziano, mówiła, że mi despektami grożą, wziąwszy o tym wiadomość, że mię ubić chciano, jechałam tam, gdziem się była zapuściła i miałabym to sobie za wielkie szczęście, gdybym tę zapłatę otrzymała za liche usiłowanie moje około dobra zbawiennego dusz ludzkich". Umartwienia szczególne stosowała w piątki, gdy nigdy się nie śmiała, w soboty ku czci Matki Bożej przez cały rok nie jadała wieczerzy, używała do końca życia dyscypliny. Była bardzo miłosierna i skrupulatna w udzielaniu pomocy. Gdy raz nic nie miała do dania ubogiej i odprawiła ją, kazała jej szukać po mieście i wyznaczyła jej ordynarię przy furcie do końca życia a sama długo pokutowała. Na uwagę zasługuje nie tylko jej hojność w jałmużnach, ale i opieka nad chłopami, których wspierała płacąc m. in. podatki. Podprzeorysza miała specjalnie dbać według"deklaracji",
by chłopi w dobrach klasztornych nie byli uciskani.
W czasie ostatniej choroby okazała wielką cierpliwość i pokorę. Nie ulega wątpliwości, że początkowa surowość z czasem ustąpiła wielkiej łagodności i wyrozumiałości. Widzenie, w którym ujrzała Chrystusa jako Dobrego Pasterza, nie tylko wpłynęło na jej postępowanie z oporną siostrą zakonną, ale zmieniło w ogóle jej postawę wobec podwładnych. W testamencie zalecała: 1) zachowanie reguły, 2) pilność w ćwiczeniu duchowym, które nazywała "wezwania naszego rzemiosłem" i 3) zachowanie klauzury. Następczyni nie wyznaczała, przestrzegając przed uporem i niezgodą.
Znaczenie dzieła reformy
Zasługi Mortęskiej i jej znaczenie w Polsce epoki potrydenckiej było wielkie. Stworzyła ona kongregację zakonną, która zajmowała się wychowaniem dziewcząt. Renesans przyniósł potrzebę oświaty i kultury wśród kobiet. Najbogatsi mieli nauczycielki sprowadzane z zagranicy, średnia szlachta i mieszczaństwo nie miały gdzie kształcić córek. Potrzebie tej zaradziła tworząc kongregację o nowych zadaniach, nieznanych prawie w średniowieczu. Dlatego że powstała w Polsce kongregacja rodzima, poświęcająca się wychowaniu dziewcząt, nie było potrzeby sprowadzania urszulanek. Poza benedyktynkami reformy chełmińskiej powstało tylko jedno zgromadzenie wychowawcze - prezentek w Krakowie, które nie rozszerzyło się poza miasto. Na wzór benedytynek zaczęły otwierać szkoły także inne klasztory żeńskie, ale na małą skalę. Kierunek wychowania był przede wszystkim religijny i moralny.
Uczono w szkołach benedyktynek czytać, pisać i rachować oraz robót ręcznych. Kładziono nacisk na przyzwyczajenie do porządku. Wpajano zasady nowej duchowości potrydenckiej. Można powiedzieć, że podobnie, jak jezuici przez wychowanie młodzieży męskiej pochodzącej ze szlachty i mieszczaństwa zapewnili w dużej mierze triumf reformy trydenckiej w Polsce, benedyktynki dokonały tego samego na polu wychowania kobiet. Kongregacja chełmińska objęła w sumie około 20 klasztorów.
Zasługą Mortęskiej było wydawanie przekładów celniejszych dzieł z zakresu życia duchowego, które tłumaczył spowiednik klasztoru. Przyczyniła się przez te wydawnictwa znacznie do rozszerzenia szkoły hiszpańskiej życia wewnętrznego, szczególnie zaś ignacjańskiej, która przyjęła się po krótkich wahaniach w klasztorach benedyktynek.
Mortęska pozostawiła po sobie dwa dzieła zaliczane do kręgu literatury religijno-mistycznej. Pierwsze z nich to Nauki duchowne służące do postępu duchownego, stanowiące komentarz do Pisma Świętego; drugie - to Rozmyślania o Męce Pańskiej, uporządkowana według reguły benedyktyńskiej refleksja nad męką Chrystusa.
Rozwój czci
Zmarła w opinii świętości. Szerzyła się ona nie tylko wśród zakonnic, gdyż podzielali ją jezuici. Za życia cenili ją wysoko biskupi i nuncjusze papiescy za wskrzeszenie obserwancji zakonnej. Kult zaczął się zaraz po jej śmierci. Jezuita o. Brzechwa napisał żywot przeznaczony wyraźnie do przygotowania procesu beatyfikacyjnego. Ciało zostało uroczyście przeniesione do osobnego grobu w krypcie przed wielkim ołtarzem przy udziale jezuitów. Nie istniejący dziś Modlitewnik Panien Benedyktynek, który opisał ks. Pobłocki, zawierał modlitwy i litanie ku czci Mortęskiej. Modlono się do niej w pokusach, szczególnie zaś, gdy chodziło o poznanie ukrytych grzechów. W r. 1709 komisja biskupia zbadała ciało, które pzostawało nieuszkodzone. Przebrano je w nowy habit. Aktu otwarcia grobu dokonał ks. S. Hozjusz, wówczas kanonik włocławski i chełmiński, późniejszy biskup poznański. Proces później nie był kontynuowany. W r. 1741 sprawiono nową trumnę i przeniesiono do wspólnej krypty zakonnic.
Z chwilą kasaty klasztoru benedyktynek w r. 1817 upadł kult, a ciało zostało przez ostatnie zakonnice ukryte, tak że nie mógł go odnaleźć.
W klasztorze zamieszkały później Siostry Miłosierdzia. W r. 1881 przybyła do Chełmna s. Michalina Żemałkowska miała w nocy z 14 na 15 sierpnia i z 15 na 16 sierpnia sny, w których dowiedziała się, gdzie spoczywa zakonnica, której obraz wisi w chórze nad konfesjonałem. Był to portret Mortęskiej. O nazwisku jej ani o kulcie owa siostra nie wiedziała. Gdy wieść o tym dotarła do przełożonej i ks. Gustawa Pobłockiego, podjęto poszukiwania i znaleziono w krypcie poza murami kościoła trumnę a w niej ciało w takim stanie, jak je opisali komisarze w r. 1709. Na trumnie umieszczona była data 1741 oraz inicjały "M. M. - X. K. C." ("Magdalenia Mortęska Ksieni klasztoru Chełmińskiego"). Z rysów twarzy od razu poznano osobę z portretu na chórze. Ciało spoczywa w krypcie do dziś.
4 IV 1953 r. komisja pod przewodnictwem ordynariusza diecezji chełmińskiej, ks. biskupa Kazimierza Józefa Kowalskiego dokonała otwarcia trumny i rekognicji ciała. Znaleziono ciało wysuszone, w stanie niezłym. Brakowało prawego oka (które wykłuła sobie w dzieciństwie). Z lewej strony na habicie były ślady pastorału ze srebra. Na trumnie obitej niebieską materią znajdowały się inicjały takie, jakie znalazł w r. 1881 ks. Gustaw Pobłocki, wykonane z mosiężnych gwoździ. Rysy twarzy były takie, jak na portrecie w chórze. Trumna została komisyjnie opisana i opieczętowana. Kult utrzymywał się w klasztorach benedyktynek reformy chełmińskiej do ich kasaty. Wszędzie wieszano portrety fundatorki lub sprawiano nowe, malowane z domysłu, gdy dawne zaginęły. Kult utrzymywał się w nie skasowanym klasztorze wileńskim i odrodził w Chełmnie po znalezieniu ciała. Szerzony jest przez benedyktynki, szczególnie w Żarnowcu.
