Jan Łobdowczyk żył w XIII w., urodził się w Łobdowie koło Brodnicy. O jego młodości nie mamy żadnych informacji. Już jako kapłan i franciszkanin był jednym z pierwszych zakonników, którzy przybyli w 1239 r. do Torunia i zakładali tu klasztor franciszkanów (obecny kościół Najświętszej Maryi Panny, który zachował w znacznej mierze swój pierwotny wygląd charakterystyczny dla franciszkanów: brak wieży, wysoka nawa główna i prezbiterium oraz krużganki.). Spędził w Toruniu wiele lat życia, pełniąc obowiązki kaznodziei. Następnie został przeniesiony do klasztoru w Chełmnie, w którym pozostał do śmierci. Jan z Łobdowa należał do mnichów, jak na owe czasy dobrze wykształconych. Był bowiem wykładowcą teologii w klasztorze chełmińskim i najprawdopodobniej posiadał doktorat teologii, co ówcześnie było bardzo rzadkie. Był także znanym i cenionym w Chełmnie kaznodzieją. Przez pewien czas opiekował się także bł. Jutą z Chełmży jako jej spowiednik i kierownik duchowy.

Najdawniejsze przekazy historyczne przedstawiają Jana jako zakonnika gorliwego w zachowaniu reguły, męża rozmiłowanego w modlitwie, posiadającego dar kontemplacji i odznaczającego się szczególnym nabożeństwem do Matki Bożej i Dzieciątka Jezus. Ubogacony też był darem ekstazy. Za życia czynił cuda, ale co do tego brak konkretnych faktów.

Zmarł w Chełmnie dnia 9 X 1264 r. i został tu pochowany w miejscowym kościele franciszkanów.

Wzmianki o cudach pośmiertnych wskazują na istnienie kultu i pielgrzymowanie wiernych do jego grobu. Od XVII wieku Jan był czczony jako Patron Prus. W 1638 r. biskup chełmiński Jan Lipski ogłosił dekret walający na publiczny kult. Ufundował też na cześć Łobdowczyka ołtarz z jego wizerunkiem. Cześć oddawana Janowi wyrażała również dokonywaniem na jego cześć dobrych uczynków i rozdawaniem jałmużn ubogim na intencję błądzących w wierze. Wszystko to stanowi dowód pobożności odznaczającej się miłością bliźniego.

W r. 1610 przybyła do klasztoru chełmińskiego grupa żeglarzy protestanckich (a więc nie uznających kultu świętych!), którzy opowiadali, że ukazał się im podczas burzy na morzu Jan z Łobdowa niosąc im ocalenie. Miał on im nakazać odbycie pielgrzymki do swojego grobu w Chełmnie. Dzięki temu Jan z Łobdowa uchodził przede wszystkim za patrona żeglarzy, którzy płynąc Wisłą do Gdańska zatrzymywali się przy jego relikwiach. Sami żeglarze mówili o jego pomocy z wielkim przejęciem. Często bowiem w mroku pochmurnych nocy i podczas burzy, gdy zagrażało im niebezpieczeństwo, zanosili modlitwy do swego patrona, a wtedy byli cudownie ratowani z opresji. W ciemnościach, gdy groziło rozbicie statku, sam Łobdowczyk ukazywał się z wielkim światłem i prowadził ich bezpiecznie do portu. Stąd też od tej pory bł. Jan był malowany na obrazach z pochodnią w ręku.

Jednak kierowano do niego modlitwy nie tylko za wodniaków oraz o błogosławieństwo podczas podróży, gdyż również polecano wzywać jego pomocy podczas prześladowań, a zwłaszcza potwarzy i fałszywych oskarżeń. Podczas gdy w jednej ze swoich ekstaz rozmawiał on z Matką Boską, i był cały pochłonięty modlitwą, przed drzwiami jego celi gromadzili się współbracia nasłuchując odgłosów z celi. Ten świętobliwy zakonnik, mąż modlitwy, został posądzony o to, iż przetrzymuje w swej celi niewiastę, a ponadto jeszcze z dzieckiem, gdyż podsłuchując usłyszeli płacz małego dziecka. Ludzka ciekawość to sprawiła i spowodowała snucie domysłów. Zapragnęli wejść do celi "rozpustnego zakonnika", jednakże ten w swej ekstazie nie słyszał nawet ich pukania do drzwi. Kiedy braciszek nie odpowiadał, ani nie otwierał drzwi, bracia byli już pewni, że Jan kogoś przed nimi ukrywa. Wtargnęli, siłą wywarzając drzwi, po czym zobaczyli rozmodlonego franciszkanina oraz Pana Jezusa na krzyżu, a ciało Jego wydawało się niczym żywego człowieka. Dopiero wtedy zobaczyli jak bardzo się pomylili, jak bardzo zadziałała ich wyobraźnia i chęć dostrzeżenia w innym tylko zła. Zrobiło się im strasznie wstyd, prosili z całego serca, aby czcigodny brat przebaczył tak wielką potwarz.

Żywy kult i cześć oddawana Janowi Łobdowczykowi został przerwany przez zabory. Gdy władze pruskie zlikwidowały klasztor franciszkanów w Chełmnie, osoba Jana z Łobdowa powoli stawała się coraz mniej znana. Warto jednak nadmienić, że gorliwym czcicielem Łobdowczyka był inny franciszkanin, żyjący już w XX w., św. Maksymilian Maria Kolbe.