W latach 70-tych XX w. powstało na wschodnim krańcu Torunia nowe ogromne osiedle Rubinkowo. Jego mieszkańcy należeli do istniejących już wcześniej parafii Chrystusa Króla i św. Jakuba Apostoła. Wiązało się to jednak z konicznością ciągłych dojazdów do kościoła.

Długi czas komunistyczne władze państwowe nie chciały zgodzić się na budowę świątyni dla nowego osiedla. Długotrwałe starania kurii biskupiej napotykały na zdecydowany opór władz świeckich. Dopiero w okresie Sierpnia 1980 r. władze zgodziły się na budowę.

Nasza parafia została utworzona dekretem ks. biskupa Mariana Przykuckiego, ówczesnego ordynariusza diecezji chełmińskiej w dniu 1 stycznia 1982 r. Pierwszym jej proboszczem został dotychczasowy wikariusz parafii Chrystusa Króla, ks. Bronisław Porzych.

Już wiosną ruszyły prace budowlane, jednak najpierw wzniesiono tymczasową kaplicę, która przez długi czas pełniła funkcję kościoła parafialnego. Z racji na kolor blachy, którą była obłożona, była nazywana "niebieską".

W 1984 r. był już gotowy projekt kościoła, jednak na dobre budowa ruszyła dopiero rok później, z racji na konieczność uzyskania wszystkich zezwoleń. Kamień węgielny pod budowę kościoła został wmurowany w kwietniu 1986 r. Dalsze roboty szły z trudnościami, z racji na ciągle kłopoty z dostaniem potrzebnych materiałów.

Pierwsza Msza św. w nowym kościele została odprawiona 16 grudnia 1993 r. Konsekracji kościoła dokonał biskup toruński Andrzej Suski 28 maja 1995 r.

Obecnie nasza parafia, licząca około 18 tysięcy mieszkańców jest największą w Toruniu i całej diecezji.