W 1955 r., gdy biskupi śląscy byli uwięzieni przez władze komunistyczne, ks. Blachnicki zaangażował się w prace tajnej kurii w Katowicach. Został z tego powodu wydalony z diecezji przez podległego komunistom wikariusza kapitulnego. Udał się do Niepokalanowa, aby pogłębić swoją więź z Bogiem. Podjął studia nad duchowością ojca Maksymiliana Kolbego. Zachwycała go idea Niepokalanej jako wzoru życia i pracy. Owocem tego doświadczenia i daru otrzymanego od Boga, było utworzenie w 1957 r. Apostolatu Trzeźwości - społecznej akcji przeciwalkoholowej, która szybko objęła całą Polskę. Po trzech latach "Krucjata Wstrzemięźliwości" obejmowała już ponad 100 tys. Osób. Niestety, 29 marca 1960 r. została ona zlikwidowana przez komunistyczną Służbę Bezpieczeństwa, natomiast ks. Blachnicki został aresztowany za "działalność wrogą państwu" i był wielokrotnie przesłuchiwany. Dla komunistów ks. Franciszek jawił się jako człowiek bardzo niebezpieczny, gdyż służył prawdzie i głosił prawdę, niosąc przebudzenie tysiącom ludzi wkraju. Nadto, nie było w nim lęku - tego lęku, którym komuniści zniewolili miliony ludzi w Polsce, aby odwieść ich od podobnej działalności. Nic więc dziwnego, że w końcu trafił i do więzienia - tego samego więzienia, w którym przeżył swoje nawrócenie podczas okupacji hitlerowskiej. Ten kolejny okres pobytu w więzieniu sam ocenił później jako czas swoich głębokich rekolekcji: głębokiej modlitwy i nowego spojrzenia na wiele spraw. Po czterech i pół miesiącach przebywania w więzieniu, stanął przed Sądem Wojskowym i otrzymał wyrok skazujący go na 13 miesięcy pozbawienia wolności, z zawieszeniem na 3 lata.
Po wyjściu z więzienia w 1961 r., ksiądz Franciszek podjął studia na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Czas jego studiów naukowych (1961-65), to lata odnowy Kościoła, w tym obrad Soboru Watykańskiego II. On sam, jako jeden z pierwszych, pragnął wprowadzić w życie dekrety soborowe. Dla księdza Blachnickiego Sobór Watykański II stał się bowiem programem, który wiąże się z wypracowaniem ideału wychowawczego dla młodzieży. W centrum jego uwagi stoi człowiek - osoba posiadająca siebie, ale w dawaniu siebie.
Ks. Franciszek Blachnicki szukał nieustannie form odnowy liturgii, przepowiadania Słowa, ożywienia parafii, aby móc wychować, dla Kościoła, autentycznych chrześcijan. Odbywało się to przy nieustannych, zaciekłych atakach komuny, inwigilacji przez bezpiekę i niezrozumieniu przez sporą część Episkopatu. Ks. Franciszek nie oglądał się wstecz, zdawał sobie sprawę z tego, że system komunistyczny upadnie, a nawet to przepowiadał. Dlatego starał się, wszystkimi możliwymi dla niego sposobami, na ten moment Kościół przygotowywać. Już w latach siedemdziesiątych przenikliwie krytykował model konsumpcyjnej cywilizacji panującej na Zachodzie. Czerpał też obficie z doświadczeń ruchów odnowy Kościoła na Zachodzie. Nie bał się korzystać nawet z metod wypracowanych w protestanckich ruchach ewangelizacyjnych, co w niektórych polskich środowiskach budziło, wręcz, popłoch. Wciąż i wszędzie szukał inspiracji dla idei żywego Kościoła, w której - jak wyznał - "mieści się synteza wszystkich doświadczeń, przemyśleń, natchnień, łask i odkryć wielu lat mego życia".
Lata siedemdziesiąte, to rozkwit "ruchu oazowego", wspieranego ustawicznie przez ówczesnego metropolitę krakowskiego, ks. kard. Karola Wojtyłę. Był on protektorem ks. Blachnickiego i zapewniał mu wsparcie w rozwijaniu inicjatyw duszpasterskich. Kard. Wojtyła bronił też "oazę" przed atakami komunistów. Jednocześnie ks. Blachnicki inspirował kard. Wojtyłę w wielu jego posunięciach. Echa doświadczeń wyrosłych z oaz, wyraźnie dało się to zauważyć na Stolicy Piotrowej.
Ks. Blachnicki często przebywał w Krościenku nad Dunajcem, korzystając z gościnności tamtejszego proboszcza. Z czasem osiedlili się tam jego najbliżsi współpracownicy, a samo Krościenko stało się centrum "ruchu oazowego". Ks. Franciszek często podkreślał, że Ruch Światło-Życie jest darem otrzymanym od Boga i że jest on dziełem Niepokalanej Matki Kościoła. Sam temu dziełu starał się wytrwale służyć, aby jak najwięcej ludzi doprowadzić do prawdziwej i głębokiej wiary.
Był człowiekiem wielkiej refleksji wielkiego czynu. Biskup katowicki Herbert Bednorz mawiał ponoć, że ks. Blachnicki używał tylko pedału gazu, a hamulca wcale. Gnał wciąż do przodu, bo też miał w sobie coś z proroka: widział głębiej i dalej niż inni. Oburzano się na niego, kiedy nazywał oazy "Ruchem Żywego Kościoła". Czy to znaczy, że reszta jest Kościołem martwym? Wprost tego nie mówił, ale widział, w jak wielu kościelnych przestrzeniach panuje skostnienie. Nazywał więc rzeczy po imieniu. W jego notatkach raz po raz pojawiają się zapisy: "Znowu ta martwa liturgia!". "Ani śladu jakiejś wizji, koncepcji" - pisał gorzko o przeciętnym duszpasterstwie w parafiach. Był też przekonany, że "mnożenie godzin katechezy nie jest lekarstwem na ogólny kryzys wiary. To raczej błąd strategiczny".
Jednym z najciekawszych pomysłów ks. Blachnickiego był plan odnowy parafii w myśl soborowej idei Kościoła jako wspólnoty. "Nasze tradycyjne parafie, to raczej agencje usług religijnych: ludzie przychodzą zamówić chrzest, pogrzeb, ślub itd. i pytają, ile to kosztuje. Daleka jest nasza przeciętna parafia od tego, żeby była wspólnotą". Warunkiem doświadczania wspólnoty są relacje "ja - ty". Tego nie da się osiągnąć w kilkutysięcznych parafiach inaczej, jak poprzez mniejsze wspólnoty, w których ludzie znają się po imieniu. Liderzy tych grup, wraz z proboszczem i wikariuszami winni stanowić także rodzaj wspólnoty, która razem modli się, daje świadectwo i omawia konieczne działania.
Bodźcem mobilizującym księdza Franciszka Blachnickiego do dalszej pracy był pontyfikat Jana Pawła II. W szczególny sposób odpowiedział on na apel papieża do Polaków, aby przeciwstawiali się wszystkiemu, co uwłacza ludzkiej godności. W tym celu 8 czerwca 1979 r. powołał do istnienia Krucjatę Wyzwolenia Człowieka kontynuującą ideę Krucjaty Wstrzemięźliwości.
Stan wojenny, wprowadzony w Polsce 13 grudnia 1981 r., zastaje księdza Blachnickiego poza granicami kraju. Ponieważ powrót do Polski był niemożliwy, w 1982 r. osiedlił się on w polskim ośrodku "Marianum" w Carlsbergu w Niemczech. Tam rozpoczął się kolejny etap w życiu - rozszerzenie Ruchu Światło-Życie poza granice Polski. W tym czasie organizował Centrum Ruchu i przeprowadzał pierwsze rekolekcje w Niemczech. Przez cały czas pobytu za granicą utrzymywał kontakt z Centralą Ruchu w Krościenku, otaczał Ruch troskliwą opieką i modlitwą.
Rok przed swoją śmiercią odprawił 30 dniowe rekolekcje ignacjańskie. Był to czas jego wielu duchowych, wręcz mistycznych przeżyć koncentrujących się wokół krzyża. Pisał, że złożył swoje życie w ofierze za dzieło, które tworzył. W czerwcu 1986 r. napisał swój testament. Stwierdził, że jedyne, co ma do przekazania, to dary duchowe. Wymienił cztery: dar wiary, otrzymany w celi więziennej; dar wizji Żywego Kościoła, który zaowocował w postaci Ruchu Światło-Życie; dar żeńskiej wspólnoty życia konsekrowanego oraz możliwość "uczynienia siebie darem całkowitym wobec Boga".
Ks. Franciszek Blachnicki zmarł 27 lutego 1987 r. w chwili, gdy w Polsce oazowicze gromadzili się na Jasnej Górze, na spotkaniu odpowiedzialnych za oazy. W telegramie przesłanym po jego śmierci, Jan Paweł II nazwał go "gwałtownikiem Królestwa Bożego". Pisał, że był on prawdziwym kapłanem Bożym, pełnym ufności i zawierzenia Bogu bez względu na konsekwencje.
9 grudnia 1995 r. rozpoczął się jego proces beatyfikacyjny. Doczesne szczątki ks. Blachnickiego zostały sprowadzone do Polski i spoczęły w kwietniu 2000 r. w Krościenku, gdzie spędził on najbardziej twórcze lata swego życia. W listopadzie 2001 roku zakończono proces beatyfikacyjny w diecezji, w 2002 rozpoczął się proces beatyfikacyjny w Rzymie.
W 1955 r., gdy biskupi śląscy byli uwięzieni przez władze komunistyczne, ks. Blachnicki zaangażował się w prace tajnej kurii w Katowicach. Został z tego powodu wydalony z diecezji przez podległego komunistom wikariusza kapitulnego. Udał się do Niepokalanowa, aby pogłębić swoją więź z Bogiem. Podjął studia nad duchowością ojca Maksymiliana Kolbego. Zachwycała go idea Niepokalanej jako wzoru życia i pracy. Owocem tego doświadczenia i daru otrzymanego od Boga, było utworzenie w 1957 r. Apostolatu Trzeźwości - społecznej akcji przeciwalkoholowej, która szybko objęła całą Polskę. Po trzech latach "Krucjata Wstrzemięźliwości" obejmowała już ponad 100 tys. Osób. Niestety, 29 marca 1960 r. została ona zlikwidowana przez komunistyczną Służbę Bezpieczeństwa, natomiast ks. Blachnicki został aresztowany za "działalność wrogą państwu" i był wielokrotnie przesłuchiwany. Dla komunistów ks. Franciszek jawił się jako człowiek bardzo niebezpieczny, gdyż służył prawdzie i głosił prawdę, niosąc przebudzenie tysiącom ludzi wkraju. Nadto, nie było w nim lęku - tego lęku, którym komuniści zniewolili miliony ludzi w Polsce, aby odwieść ich od podobnej działalności. Nic więc dziwnego, że w końcu trafił i do więzienia - tego samego więzienia, w którym przeżył swoje nawrócenie podczas okupacji hitlerowskiej. Ten kolejny okres pobytu w więzieniu sam ocenił później jako czas swoich głębokich rekolekcji: głębokiej modlitwy i nowego spojrzenia na wiele spraw. Po czterech i pół miesiącach przebywania w więzieniu, stanął przed Sądem Wojskowym i otrzymał wyrok skazujący go na 13 miesięcy pozbawienia wolności, z zawieszeniem na 3 lata.
Lata siedemdziesiąte, to rozkwit "ruchu oazowego", wspieranego ustawicznie przez ówczesnego metropolitę krakowskiego, ks. kard. Karola Wojtyłę. Był on protektorem ks. Blachnickiego i zapewniał mu wsparcie w rozwijaniu inicjatyw duszpasterskich. Kard. Wojtyła bronił też "oazę" przed atakami komunistów. Jednocześnie ks. Blachnicki inspirował kard. Wojtyłę w wielu jego posunięciach. Echa doświadczeń wyrosłych z oaz, wyraźnie dało się to zauważyć na Stolicy Piotrowej.
Był człowiekiem wielkiej refleksji wielkiego czynu. Biskup katowicki Herbert Bednorz mawiał ponoć, że ks. Blachnicki używał tylko pedału gazu, a hamulca wcale. Gnał wciąż do przodu, bo też miał w sobie coś z proroka: widział głębiej i dalej niż inni. Oburzano się na niego, kiedy nazywał oazy "Ruchem Żywego Kościoła". Czy to znaczy, że reszta jest Kościołem martwym? Wprost tego nie mówił, ale widział, w jak wielu kościelnych przestrzeniach panuje skostnienie. Nazywał więc rzeczy po imieniu. W jego notatkach raz po raz pojawiają się zapisy: "Znowu ta martwa liturgia!". "Ani śladu jakiejś wizji, koncepcji" - pisał gorzko o przeciętnym duszpasterstwie w parafiach. Był też przekonany, że "mnożenie godzin katechezy nie jest lekarstwem na ogólny kryzys wiary. To raczej błąd strategiczny".
Bodźcem mobilizującym księdza Franciszka Blachnickiego do dalszej pracy był pontyfikat Jana Pawła II. W szczególny sposób odpowiedział on na apel papieża do Polaków, aby przeciwstawiali się wszystkiemu, co uwłacza ludzkiej godności. W tym celu 8 czerwca 1979 r. powołał do istnienia Krucjatę Wyzwolenia Człowieka kontynuującą ideę Krucjaty Wstrzemięźliwości.
Rok przed swoją śmiercią odprawił 30 dniowe rekolekcje ignacjańskie. Był to czas jego wielu duchowych, wręcz mistycznych przeżyć koncentrujących się wokół krzyża. Pisał, że złożył swoje życie w ofierze za dzieło, które tworzył. W czerwcu 1986 r. napisał swój testament. Stwierdził, że jedyne, co ma do przekazania, to dary duchowe. Wymienił cztery: dar wiary, otrzymany w celi więziennej; dar wizji Żywego Kościoła, który zaowocował w postaci Ruchu Światło-Życie; dar żeńskiej wspólnoty życia konsekrowanego oraz możliwość "uczynienia siebie darem całkowitym wobec Boga".