Kolejnym był kościół św. Jana - jeden z najstarszych i największych na obszarze dawnego państwa Krzyżackiego, budowany ponad 200 lat.
Kościół ten i okalający go plac stanowiły centrum życia politycznego i gospodarczego miasta. Aż do 1518 r. właśnie w tej świątyni odbywały się wybory do władz miejskich, tam też udawali się przybywający do Torunia królowie, by uczestniczyć w uroczystych nabożeństwach powitalnych.
Gwiaździste sklepienie nawy głównej.
Prezbiterium z malowidłami przedstawiającymi świętych Janów - Chrzciciela i Ewangelistę.
Patron katedry, św. Jan Apostoł i Ewangelista zarazem. Stara legenda mówi, że gdy podano mu zatrute wino, on uczynił nad nim znak krzyża i bez szkody dla zdrowia spożył.
Kliknij na obrazie by powiększyć!!!
Na ścianie prezbiterium znajduje się fresk - Ukrzyżowanie i Sąd Ostateczny.
Centrum zajmuje scena Ukrzyżowania, w której krucyfiks przybrał formę drzewa - Żywego Krzyża, wyrastającego z boku Adama (jak przez Adam przyszła śmierć, tak przez Jezusa zmartwych- wstanie i życie). Ukrzyżowanemu towarzyszą po obu stronach Maria i święte niewiasty, załamujący ręce św. Jan Ewangelista i wskazujący na Zbawiciela setnik oraz przypatrujący się scenie Żyd, lecz także klęczący pod krzyżem Kościół z chorągwią zwycięstwa (odnoszącą się do Zmartwychwstania), zbierający do kielicha drogocenną krew Chrystusową (symbol sakramentów), a po przeciwnej stronie zaślepiona w swej zatwardziałości Synagoga (trzymająca symboliczną głowę kozła), która odrzuciła zapowiadanego Mesjasza. W górze rozgrywa się scena Sądu Ostatecznego: na łuku tęczy w mandorli zasiada Bóg Ojciec w otoczeniu najwyższych w anielskiej hierarchii - Serafinów i Tronów, po lewej widoczny jest św. Piotr wprowadzający zbawionych do raju, natomiast po prawej przedstawiono św. Michała Archanioła prowadzącego zwycięski ostateczny bój z szatanem.
Na dole, na lewo od Adama znajduje się scena dydaktyczna scena "Spotkania trzech żywych i trzech zmarłych", w której umarli ostrzegają światowych młodzieńców przed prowadzeniem grzesznego trybu życia. Tam też umieszczono wyobrażenie Matki Miłosierdzia - Maryi w płaszczu opiekuńczym, pod który ucieka się grzeszna ludzkość w obawie przed surowym wyrokiem Sędziego. Na prawo od pnia krzyża zaprezentowano Zmartwychwstanie ciał.
Po bokach środkowej strefy zgromadzono w osobnych obramieniach po 7 symbolicznych wyobrażeń w polach w formie czwórliścia: po lewej cnoty, a po prawej grzechy, wyobrażone w postaci niewiast jadących na zwierzętach. Postać jadąca na ośle symbolizuje lenistwo, jadąca na koźle - obżarstwo, na niedźwiedziu gniew, na psie zawiść, na świni chciwość, na jeleniu nieczystość i na koniu pychę.
Całą dolną część fresku zajmują rozliczne i przerażająco ukazane sceny mąk piekielnych cierpianych przez potępionych. Ośrodkiem tych okropności jest postać Belzebuba w prawym dolnym rogu. Niektóre z nagich postaci noszą jeszcze oznaki swych doczesnych godności - biskupią infułę, królewską koronę, rycerski hełm. Jest nawet rycerz w pełnej zbroi. Grzesznicy są pędzeni i wleczeni przez diabły, wiezieni taczkami, niesieni w płachtach i na beczce. Pokazano kocioł pełen potępionych i szatana rozniecającego ogień za pomocą miecha.
Rzeźba Pięknej Madonny na konsoli z Mojżeszem. Jest to światowej sławy dzieło gotyku zwanego stylem pięknym. Maryja wręczaj Dzieciątku jabłko, to jakby odwrócenie sceny z Raju gdzie Ewa dała owoc Adamwi. Jak Ewa była nieposłuszna Bogu, zrywając owoc z drzewa poznania dobra i zła, tak Nowa Ewa - Maryja, stając się matką Jezusa otrzymała udział w dziele zbawienia świata. Z boskiego macierzyństwa płynie wielka godności Maryi, której znakiem jest korona. Powaga rysując się na twarzy Maryi, to zmieszanie radości Boskiego Macierzyństwa z cieniem smutku z przeczucia męki Jezusa.
Maryja stoi na konsoli która przedstawia Mojżesza, trzymającego tablice z przykazaniami, wyłaniającego się ze gałęzi ognistego krzewu. Mojżesz jest ukazany jako antyteza Maryi. Tam cała postać jest dumnie wyprostowana, tu Mojżesz zgarbiony i pochylony; tam młodość w pełnym rozkwicie, tu starość; tam nadprzyrodzony spokój, tu poorane bruzdami czoło świadczące o trudach życia. Jest to znak kontrastu między Nowym a Starym Przymierzem, ale także znak, iż Nowe wyrasta ze Starego. Ogień zawsze jest znakiem oczyszczenia, a w tym kontekście jest nie tylko wspomnieniem sceny z pustyni Synaj, gdzie Bóg ukazał się Mojżeszowi w płonącym krzewie, ale jest także znakiem dziewiczej czystości Maryi.
Ołtarz św. Franciszka Ksawerego, misjonarza w Chinach, Indiach i Japonii.
Fragment ołtarza - św. Franciszek Ksawery chrzci księcia indyjskiego.