Łuk tęczowy z Krucyfiksem, postaciami Matki Bożej i św. Jana.
Czarny Krucyfiks - krzyż, którego nazwa nawiązuje do jego charakterystycznej ciemnej polichromii, pochodzi z kościoła św. Mikołaja w Toruniu. Po kasacie klasztoru dominikańskiego i zburzeniu kościoła krucyfiks przeszedł na własność kościoła św. Jakuba.
W kościele św. Mikołaja krucyfiks znajdował się już od XIV wieku i już wówczas "uchodził jako łaskawy; wierni przychodzili się przed nim pomodlić, dali kosztowne ozdoby na ofiarę i świece liczne zapalali." Z 1405 roku pochodzi informacja o czterdziestodniowym odpuście, jakim obdarzył go biskup chełmiński Arnold Stapil - rycerz zakonu krzyżackiego za odmówienie pięciu "Ojcze nasz" i tyleż "Zdrowaś Maryjo" oraz zapalenie przed nim wiecznej lampy. W 1466 roku, pierwszy polski biskup diecezji chełmińskiej, Wincenty Kiełbasa nadał nowe 40 dni odpustu za każde pobożne nachylenie, "które by wierni modląc się przed tym wizerunkiem, uczynili przy słowach: Jezus Maria i Chwała Ojcu". Wzrost kultu krucyfiksu nastąpił w XVII wieku kiedy to cudem ocalał on z katastrofy budowlanej - 12 czerwca 1622 roku, kiedy to zawaliły się sklepienie i dach nawy południowej, z czego rzeźba wyszła bez szwanku.
Jak podaje naoczny świadek z XIX wieku: "Ile razy odsłaniają lub zasłaniają cudowny obraz, ludzie uklękną albo się nisko nachylają; na Mszę świętą, która i teraz jeszcze przed odsłonionym obrazem jeszcze odprawia się dosyć licznie przychodzą. Nieraz też sami zamawiają sobie Mszę w chorobie albo jakiej innej potrzebie, ażeby się odprawiała przed cudownym obrazem". A ostatnie cudowne uzdrowienie poświadczone jest w 1873 roku. O tym, że jednak wciąż wiązano z nim otrzymywane łaski, świadczy rosnąca liczba wotów. Szczególnie do Jezusa Ukrzyżowanego, z kościoła św. Mikołaja, swoje modlitwy zanoszą ci, którym wydaje się, że "świat cały zawalił się im na głowę". Jest to nawiązanie do dramatycznego wydarzenia zawalenia się sklepienia kościoła i cudownego ocalenia, łaskami słynącego, krucyfiksu.
Obraz Ukrzyżowania namalowany przez znanego toruńskiego malarza Bartłomieja Strobla. Ponieważ kościół św. Jakuba był najpierw świątynią Cysterek, a potem, od XVII w. Benedyktynek, na obrazie pod krzyżem klęczy św. Benedykt i jego siostra św. Scholastyka.
Dzieciątko Jezus - feretron różańcowy - (obraz przenośny, obustronnie namalowany, w ozdobnych ramach, obnoszony w czasie procesji) - obraz z XVII w. przeniesiony z kościoła św. Mikołaja. Przedstawia Dzieciątko Jezus trzymające jabłko królewskie - symbol władzy nad światem - i chorągiew Zmartwychwstania. Z szyi Dzieciątka zwiesza się czerwony sznur różańca. Powyżej w światłości unosi się gołębica Ducha Świętego, a wokół tłoczą się anioły. Na dole wizję adorują dwie klęczące postacie - św. Dominik i św. Agnieszka z Montepulciano, dominikanka. W otoczenie wkomponowano pięć medalionów z kwiatów róż, zawierające tajemnice bolesne: modlitwę w Ogrójcu, koronowanie cierniem, biczowanie i upadek pod krzyżem, na dole duże Ukrzyżowanie, wkomponowane w monogram IHS. Scenie ukrzyżowania przyglądają się duchowni i władcy, reprezentanci Kościoła. Na samym dole, po lewej, przedstawiono dusze cierpiące w płomieniach czyśćca, którym anioł niesie wybawienie - różaniec. Położenie kresu mękom oznacza trzymana przezeń klepsydra. Po prawej widoczne są diabły w wiecznych płomieniach piekła.
